經過多年的發展，新疆棉花產業總體呈現出喜人且驕人的成效，總產、單產、調出量、農民貢獻率等指標從1993年開始連續19年全國第一。然而，目前新疆棉花產業存在的問題及隱憂必須引起重視。
一是加工能力過剩，競爭無序。截至2012年底，新疆已取得棉花加工質量保證能力證書的棉花加工企業共有864家、1161條生產線，加工能力超過600萬噸。按照國家棉花質量檢驗體制改革的要求，僅需500多家，加工能力嚴重過剩，導致重復建設、浪費資源，企業吃不飽、惡性競爭、忽視棉花質量，特別是近年來混等混級收購加工棉花較普遍，棉花中混入異性纖維的現象有所抬頭。
二是成本高，國內外棉花巨大差價將會影響新疆棉花產業的發展。國外棉花享受本國高補貼政策，棉花一直處于競爭優勢。國棉價格補貼機制尚未健全成熟，棉花種植成本高，國棉與進口棉差價大，無奈只能靠國家買單，此問題必須認真解決，否則將影響棉花產業發展大局。
三是新疆棉花經營長期處于低層次非高效的階段。新疆棉花市場銷售結構較差，銷售方式長期以一賣一買的現貨交易為主，由于棉花企業基本依靠農發行貸款，政策規定不得進入期貨市場，導致新疆進入期貨撮合市場經營比例太低，產銷經營效益不高。
四是產業鏈下游對新疆棉需求弱化，本地棉紡業對棉花的需要減弱。內地紡織企業大量使用低價進口棉，對新疆棉使用量進一步降低。很多新建或遷移來疆的紡織企業大部分競爭力不強，使用新疆棉的廠家不多，致使新疆棉本地銷售弱化。
五是農民靠棉花取得的收入遠小于其他產業收入。新疆一些地區的農民種植林果或飼養家畜等收入翻番，棉花種植成本較高，尤其是2002年種植長絨棉的棉農，幾乎無一幸免棉價下跌造成的損失，收益低，對棉農傷害很大。
六是棉花倉儲設施、設備亟待改造和建設。新疆總體上已有的棉花倉儲設施已具規模，庫區、庫房、鐵路專線基本滿足需要。但隨著我區棉花產業的發展，現有的棉花中轉儲備庫不少由于建庫時間久遠，倉儲設施、設備老化現象嚴重，機械化、電子化水平低，尤其是近3年我區承擔代儲任務后，倉容和中轉儲備能力不足的矛盾更加突出，需進一步加大改造升級力度。
七是鐵路運輸繼續成為制約新疆棉花經營的瓶頸。鐵路發運困難多年來一直是影響新疆棉花銷售的制約因素，由于蘭新鐵路雙復線及電氣化改造，進出新疆商品物資運量嚴重失衡等原因，新疆棉花外運持續緊張，部分內地企業購買新疆棉2～4個月仍難運出，占壓棉花購銷資金，影響新疆棉外銷及聲譽。
八是棉花補貼政策力度不大。當前國家對棉花的補貼政策有良種補貼、運費補貼、臨時收儲政策，對棉農、流通企業及其他直補政策尚未出臺，更沒形成長效機制。
