日本和澳大利亞上月宣布厄爾尼諾已經出現。當月，澳大利亞國家氣象局檢測的海洋表面溫度指數出現了與1997-98年強烈厄爾尼諾現象時同樣的走勢，這意味著太平洋地區的厄爾尼諾現象正持續加強，并且可能出現有記錄以來最強的厄爾尼諾。
厄爾尼諾來襲時，東南信風減弱，東太平洋冷水上翻現象消失，表層暖水向東回流，導致赤道東太平洋海面上升，海面水溫升高，秘魯、厄瓜多爾沿岸由冷洋流轉變為暖洋流。
由于海水溫度的變化，導致空氣對流發生轉變，帶來亞洲東岸干旱、美洲西岸潮濕的氣候。
亞洲和美洲作為大豆、玉米、甘蔗、天然橡膠和棉花的主產區，自然深受厄爾尼諾影響。中銀國際表示，厄爾尼諾一旦發生，首先體現在市場對農產品產量下滑的擔憂，從而帶來價格上漲的預期，增強對農業板塊投資的信心。
海通證券在報告中總結道，厄爾尼諾總能帶動農作物價格上漲，但對于產量的影響悲喜交加，小麥通常大幅減產，大豆往往大幅增產， 大米和玉米產量波動比較溫和。
芝加哥商業交易所（CME）旗下芝加哥期貨交易所（CBOT）的小麥期貨投資者很快對厄爾尼諾即將來臨的警告予以了嚴肅的回應。如下圖所示，5月14日，該作為全球行業基準已經超過135年的小麥期貨大幅跳漲：
那么棉花呢？兩家券商的研報顯示，考慮到庫存因素，本次厄爾尼諾對棉花的影響相對復雜。
棉花產區主要集中在中國、美國、印度、巴基斯坦等國，其中又以中印最多，兩者總共占比高達約 50%。
中銀國際整理的數據顯示， 2013 年全球 2,573萬噸棉花產量中，中國產量為 670 萬噸，占到 26.0%；印度產量為 634 萬噸，占 24.6%；美國產量為 287 萬噸，占 11.2%；巴基斯坦產量為 207 萬噸，占 8.1%，前四個國家的總產量占比達到 70.0%。
棉花喜溫怕寒，其生長發育最適宜的溫度范圍為 20～30℃。為了達到早發、穩長、高產的目的，棉花苗期要求氣溫穩定。因此，帶來非旱即澇的厄爾尼諾以及伴隨發生的拉尼娜會使得棉花的產量大幅下滑，進而影響棉花價格。
據海通證券，2000 年至今棉花價格有兩次大幅攀升，均出現在厄爾尼諾出現的年份：一次發生在 2002 年，同比上漲38%；另一次發生在2009 年，同比上漲 36%，而且延續到 2010 年同比上漲85%。
CME的棉花期貨投資者更是將2009-2010年那次厄爾尼諾效應發揮到了極致。如圖所示，CME 2號棉花期貨從2009年3月的低點到2011年3月的最高點，累計漲幅高達5.34倍。
海通證券表示，厄爾尼諾對棉花價格影響顯著，由于拉尼娜往往伴隨厄爾尼諾發生，警惕有可能延長的價格波動時間。
當然，棉花價格的影響因素眾多，既受到供求影響，也受農業政策、紡織、外貿政策等影響。
中銀國際進一步分解了厄爾尼諾對中印棉花產量的影響后發現：
印度：在厄爾尼諾時期，印度 6-9 月常會出現嚴重干旱，但此時干旱對棉花生產影響不大。歷史來看，厄爾尼諾出現的時間段，印度棉花增產和減產的幾率幾乎是一致的，產量變化最大的年份是 1953/1954 年的增產 15%和 1986/1987年的減產 13%，次之就是 1997 年的減產 11.4%，而其余年份產量變化幅度并不明顯，說明總體來講厄爾尼諾對印度棉花生產的影響較小。中國：厄爾尼諾時期，我國北方廣大地區常會有不同程度的干旱，而高溫干旱常導致棉鈴蟲等病害爆發，會略微影響棉花產量的增長。但從總體來看，厄爾尼諾天氣對我國棉花生產的影響作用微乎其微
，無論是 1994/95 年還是1997/1998 年，我國棉花無論是從產量還是單產角度都是增加的。
加之當前棉花庫存積壓：
2012/13 年度，usda 統計中國棉花產銷情況，國內棉花總產量 685.8 萬噸，年比下降 6%，進口量 239.5 萬噸，年比下降 55%，同時國內消費量 772.9 萬噸，年比下降 18.6%，同期期末庫存 818.88 萬噸，年比增加 138.7%，庫存消費比105.94%。
2012/13 年度全球棉花產量 2,543.7 萬噸，全球棉花消費量 2,315.1 萬噸，同期期末庫存 1,747.7 萬噸，較上一年增長 18%，期末庫存消費比 75.49%。除中國大陸外，全球棉花總產量 1,857.9 萬噸，全球棉花總消費量 1,542.9 萬噸，消費量比上一年度減少 11 萬噸，期末庫存 939.7 萬噸，期末庫存消費比 60.9%。
因此，中銀國際的看法是，除非發生強厄爾尼諾天氣，否則天氣因素造成棉花價格（期貨）上漲更多是短暫的預期行為，對整體的供需環境影響幾乎沒有。在棉花庫存消費比超過 100%的情況下，棉花價格上漲的基礎還很薄弱。
從CME棉花期貨走勢上看，市場確實出現了分歧。日本和澳大利亞最初宣布（5月12日）厄爾尼諾來臨時，棉花期貨出現過一波較大的上漲，但隨后幾日便回落，市場陷入震蕩：
