6月份瓢潑大雨肆虐在我國多個產區，但是新疆似乎被雨水遺忘了。上旬，全疆氣溫偏高，日照充足，大部產區雨水略顯不足。受伊朗副高東移的影響，中旬起多個棉花種植區出現長時間的高溫天氣(其中阿克蘇地區部分產區最高氣溫飆升至37℃)。降水方面，下旬，北疆降雨持續偏多，土壤含水量大。整體來看，本月全疆降雨分布不均，氣溫偏高，病蟲害高發，影響農作物生長發育。令人絕望的是，6月下旬，北疆博樂主產棉區遭遇冰雹、暴雨等強對流天氣，部分受災嚴重區域面臨絕收。天氣對農作物長勢造成的傷害尚未完全顯現，大部產區作物長勢與去年同期持平。

　　7月上旬和中旬，偶有降雨發生，但是氣象條件整體對棉花生長有利。下旬，新疆遭遇歷史同期罕見高溫天氣，部分產區高溫突破40℃，南疆棉株上部花鈴脫落，高溫天氣威脅棉花長勢，單產潛力下滑。相對而言，北疆棉農水分補充及時，花鈴脫落程度較輕，但還是會影響棉花產量。降水方面，月內，全疆偶有強降水發生，所幸持續時間偏短，對農作物長勢造成的負面影響有限。

　　高溫天氣一直持續至8月上旬，中旬全疆大部氣溫略降，雨量增多，農作物生長環境改善。9月以來，新疆北疆地區氣溫較前期上升，有利于棉花正常開裂吐絮，生長情況較前期預計較好；南疆大部地區出現明顯降水過程，土壤摘情得到改善，前期因受高溫少雨影響長勢較差棉花恢復正常或轉為較好。

　　2016年棉花生育期內整體熱量條件南疆西部棉區好于常年差于去年，全疆其余大部棉區好于常年和去年(喀什農作物長勢較去年同期偏差)，但熱量分布不均，北疆棉花苗期和南疆棉花花鈴后期及裂鈴吐絮期的持續陰雨天氣對棉花生長和品質造成較大影響。